３年後期から研究室に所属し、卒業研究を開始します。基本的な実験スキルを身につけるとともに、ゼミでの英語論文紹介や研究報告などでコミュニケーション力を磨きます。
学生によっては、その成果を学会で発表することもあります。学会で発表する学生には、大阪工業大学後援会から研究活動援助金として年間3万5千円が援助されます。
２月に開催される卒業研究発表会では、すべての卒業予定者が自らの研究内容を発表しており（関係者以外非公開で実施しています）、秀れたものには卒業祝賀会で優秀発表賞が授与されます。

大学院では、研究室に所属して先進的な研究活動を行います。実験手法立案のスキルなどを身につけるとともに、後輩学生と協力して研究を進めることで指導力やコミュニケーション力を磨きます。
学会での研究発表も活発に行っています（下図）。学会発表する大学院生には、大学より研究活動奨励金として年間5万円が支給されます。また海外での発表では航空賃・宿泊費などが支給されます（在籍中１回に限る）。
このように、学部より高度な知識を身に付け、関連分野の第一線で活躍できる人材を養成するための研究環境を整えています。
２月に開催される修士論文公聴会では、すべての修士課程（博士前期課程）修了予定院生が自らの研究内容を発表しており（原則として一般公開で実施しています）、最も優れたものには卒業祝賀会で優秀賞が授与されます。
なお、優れた大学院研究として認められた場合、大学推薦によって学生支援機構から受給した奨学金が、全額あるいは半額免除されることもあります。